中国科学院合肥物质科学研究院（以下简称合肥研究院）是中国科学院在安徽设立的一个综合性科研基地和人才培养基地。合肥研究院位于合肥市西郊风景秀丽的蜀山湖畔的董铺岛上，面积2.65平方公里。岛上三面环水，绿树成荫。江泽民总书记1998年莅临视察时对这里的科研环境给予了很高的评价，并欣然题词“科学岛”，由此科学岛成为合肥研究院的别名。 合肥研究院战略定位是：面向国家洁净能源与环境安全需求，面向极端与复杂条件下物质科学前沿，建设并依托全超导托卡马克、强磁场、大气环境立体探测研究网等大科学平台，形成等离子体物理、大气环境光物理/化学、极端和复杂环境下材料与生物物理等优势学科群，发展磁约束聚变堆、大气环境探测、强磁场，及能源环境健康等需求的功能材料与智能系统等战略高技术，成为国际著名的“科教结合、协同创新”的物质科学研究、战略高技术发展和创新人才培养基地。
　　2013年，习近平总书记视察中国科学院并提出“四个率先”要求，即“率先实现科学技术跨越发展，率先建成国家创新人才高地，率先建成国家高水平科技智库，率先建设国际一流科研机构”。为贯彻落实 “四个率先”要求和党的十八大、十八届三中全会精神，中科院制定了《“率先行动”计划》，其重要举措之一是对现有研究机构进行分类改革——主要分为创新研究院、卓越创新中心、大科学研究中心、特色研究所。合肥研究院积极响应，全力参与其中。2014年11月，合肥研究院与中科大联合申请合肥大科学中心正式获批，成为中科院首批大科学中心。同时，2014年12月31日，合肥研究院成为中科院“机器人与智能制造”创新研究院的分部之一。
　　目前，合肥研究院下属10个研究所和1个科技成果转移转化机构。在安徽光学精密机械研究所、等离子体物理研究所、固体物理研究所、合肥智能机械研究所4个老牌研究所基础上，陆续成立了强磁场科学中心、技术生物与农业工程研究所、先进制造技术研究所、医学物理与技术中心、核能安全技术研究所。2014年6月，研究院成立了中科院合肥创新技术工程院，作为实现科技成果产业化的机构。2015年1月，合肥研究院在安徽循环经济技术工程院基础上成立了应用技术研究所。
　　中国科学院在合肥研究院部署的主要学科有等离子体物理与磁约束核聚变、强磁场科学与技术、材料物理与纳米技术、大气光学与遥感、环境光学与技术、仿生感知与智能系统、激光材料与技术、超导电工与节能应用、离子束生物工程、智能农业信息技术、太阳能材料与工程等。
　　截至2014年12月，合肥研究院在职职工2404人，其中正高级人员297人，副高级人员691人，包括两院院士4人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选5人、国家杰出青年基金获得者5人、国家“973”计划首席专家26人、国家“863”计划项目负责人34人、国家“千人计划”入选者11人、“万人计划”入选者3人、中科院“百人计划”入选者69人、安徽省“百人计划”4人。目前研究院在职职工60.7%具有研究生学历，40.3%具有博士学位，人员队伍结构不断优化。通过组织优势科研团队，研究所组织和承担国家重大重点科研任务的能力不断加强，形成等离子体物理、纳米材料、大气环境等多个创新团队和973、863团队。
　　合肥研究院设有等离子体物理、凝聚态物理、光学、大气物理学与大气环境等7个二级学科博士研究生培养点和16个二级学科硕士研究生培养点；仪器仪表工程、材料工程、动力工程、电气工程、控制工程、计算机技术、核能与核技术工程、环境工程、生物工程等9个学科工程硕士培养点，现有在学研究生1584人；设有等离子物理、凝聚态物理、光学、大气科学、核科学与技术5个博士后流动站，在站博士后90余人。自2014年起，合肥研究院招收的研究生全部拥有中国科学技术大学学籍。
　　随着科研事业的发展，合肥研究院建成了20多个装备优良的实验室、研究中心和10多个大型技术物理实验平台，包括国家“863”计划大气光学、智能机器人传感技术、中科院材料物理、离子束生物工程、安徽省环境光学监测技术等9个国家或省部级重点实验室，拥有我国第一台超导托卡马克HT-7实验装置，自主设计、研制了世界上第一台非圆截面全超导托卡马克实验装置，是中国主要的核聚变研究基地之一，也是世界实验室在我国设立的核聚变研究中心。 目前，合肥研究院拥有1个国家工程中心，16个省部级重点实验室/工程中心，以及全超导托卡马克东方超环EAST、EAST辅助加热、稳态强磁场等三个大科学工程，已成为中国科学院重要的科技创新基地、高技术发展基地和人才培养基地之一。