中国科学院昆明植物研究所研究生教育始于1956年，1979年开始招收硕士研究生，1986 年开始招收博士研究生。研究所现有2个中国科学院重点学科，2个一级学科生物学和药学，下设植物学、生物化学与分子生物学、药物化学和药理学4个博士学位点，以及植物学、生物化学与分子生物学以及药物化学4个硕士学位点，3个专业型硕士培养点。研究所拥有一支高水平导师队伍和学生开展科研实践的一流科研环境。目前，全所有指导教师80名，其中院士2人，博士生导师48名，硕士导师32人。在读研究生410人，其中博士研究生194人，在读留学博士生18人，分别来自美国、德国、韩国、巴基斯坦、尼泊尔等国，在读硕士研究生214人。
　　研究所拥有“三室一库”研究单元，即植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室、中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室、资源植物与生物技术重点实验室、中国西南野生生物种质资源库。设有昆明植物园和丽江高山植物园，以及多个国家级前沿科研项目；植物标本馆（KUN）馆藏标本140余万份，是全国第二大植物标本馆。研究所拥有多种大中型现代仪器设备，如400 兆和500 兆超导核磁共振仪、高分辨质谱仪、超速冷冻离心机、激光共聚焦显微镜、高通量测序仪、大型人工气候箱群等。标本馆收藏植物标本120 多万份，图书馆藏书27 万册。为学生培养提供了宏大的科研实践平台。
　　基于中国科学院大学的“三统一、四融合”，研究所研究生教育实行两段式培养。“博学笃志，格物明德“的校训和“原本山川、极命草木”的所训，为培养高素质创新创业人才提出了更高的要求。研究生所不仅注重培养学生具备扎实的知识基础和科研能力，更注重培养学生勇于创新的科学精神、求真务实的科研品格、敢于担当的社会责任感。
　　经过多年的耕耘，研究生培养取得了丰硕的成果，已培养研究生1075人，其中硕士生431人，博士生542人。自2004年至今,共获全国百篇优秀博士学位论文2篇，中国科学院优秀博士学位论文6篇，600多名毕业生获中科院院长奖学金、各类冠名奖和优秀学生称号。
　　研究生教育接受所学位评定委员会和招生领导小组指导，管理部门设在研究生处。