中国科学院昆明动物研究所（以下简称昆明动物所）直属于中国科学院，是我国生物多样性演化、保护与可持续利用领域的综合性研究机构。昆明动物所成立于1959年4月，其前身为昆虫研究所紫胶站，1963年改名为中国科学院西南动物研究所，1970年划归云南省后改名为云南省动物研究所，1978年重归中国科学院，恢复原所名。
　　昆明动物所现有“遗传资源与进化”国家重点实验室、中国科学院“动物模型与人类疾病机理”重点实验室两个研究单元，并建有“云南省天然活性多肽工程实验室”、“云南省畜禽分子生物学重点实验室”、“云南省动物模型与人类疾病机理”重点实验室”和“云南省动物生殖生物学重点实验室”。昆明动物所是中国科学院昆明灵长类研究中心的依托单位，建有药物安全评价中心。设有公共技术服务中心，是中国科学院昆明生物多样性大型仪器区域中心的牵头单位。建有无量山黑冠长臂猿监测站和昭通大山包野生动物野外观测站2个野外台站。与云南省合作共建昆明动物博物馆，馆藏各类动物标本75万余号，是我国热带、亚热带动物种类、数量收藏最多的标本馆，先后被授予“全国科普教育基地”、“云南省生态文明教育基地”等荣誉称号。
　　截至2015年12月，昆明动物所设有35个研究团队，共有各类在岗职工442人。包括中国科学院院士1人、发展中国家科学院院士1人、研究员及正高级工程技术人员34人、副研究员及高级工程技术人员58人。共有国家海外高层次人才引进计划（千人计划）入选者5人（含“青年千人计划”入选者4人）；中国科学院“百人计划”入选者20人；国家杰出青年科学基金获得者10人。
　　昆明动物所是1980年国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一，现设有动物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学4个二级学科博士研究生培养点，动物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学、生物化学与分子生物学、生物工程6个二级学科硕士研究生培养点和基础医学一级学科硕士研究生培养点，并设有生物学专业一级学科博士后流动站，现有在学研究生335人（其中硕士生164人、博士生171人）、在站博士后23人。
　　建所以来，昆明动物所始终定位于生物多样性演化、保护和利用研究，并按照中科院的决策和部署，凝练聚焦国家重大和关键科技问题，整合组织科研力量，在老一辈科学家的带领下，取得了一批高水平研究成果，造就了一批优秀科学家，取得了良好的社会效益和经济效益，为国家和地方的发展做出了重要贡献。昆明动物所积极承担国家重大科技专项、973、863、中科院战略性先导专项和自然科学基金等多项重大科研任务，先后获得国家自然科学二等奖5项，技术发明二等奖1项，科学技术进步奖1项，并多次获得省部级及中国科学院重要奖项，授权发明专利144项。
　　目前，昆明动物研究所与50多个国家和地区、国际组织等建立了广泛的交流与合作关系，并积极参与中国科学院“中非联合研究中心”和“东南亚生物多样性研究所”的建设，进一步拓展了与非洲和东南亚的合作。截至2015年12月，昆明动物所聘用来自美国、英国等全职外籍研究人员11人，其中3人获中国科学院“百人计划”和云南省海外高层次人才计划支持。
　　昆明动物所是云南省动物学会、云南省昆虫学会、云南省细胞与生物学会、云南省免疫学会的挂靠单位，负责编辑出版动物学核心刊物《动物学研究》，该刊物入选“2014中国国际影响力学术期刊”和“2014中国精品科技期刊”，2015年荣获“中国百种杰出科技期刊”称号。
　　新时期，昆明动物研究所以“率先行动”计划为导向，不断加强顶层设计和整体谋划，确定了“一三五”的目标。
　　一个定位：立足于我国及东南亚丰富的生物多样性资源，瞄准“遗传、发育和进化交叉统一”的重大科学前沿，面向动物基因资源的发掘利用和疾病动物模型创制的国家重大需求，通过多学科的融合，解决关系国家和区域发展的生物多样性资源保护与利用研究中的基础性、战略性、前瞻性科技问题，成为引领全球生物多样性演化机制、资源保护与可持续利用研究的国际著名研究所。
　　三大突破：动物复杂性状的进化解析与调控、灵长类动物模型与重大疾病机理、家养动物及其野生近缘种基因资源发掘。
　　五个重点培育方向：动物多样性资源与保护；肽类分子探针与候选药物；肿瘤与干细胞；衰老机理与动物模型；灵长类动物表型与遗传。