佳木斯大学是国家首批学士学位授予权单位，1980年开始研究生教育，1986年获得硕士学位授予权，2000年成为“在职人员申请硕士学位授予权单位”和“临床医学硕士专业学位授予权单位”， 2009年获得“高等学校教师在职攻读硕士学位授予权”和“口腔医学硕士专业学位授予权”，2010年获得工程硕士（机械工程领域、材料工程领域）专业学位授予权。目前，我校拥有科学学位和专业学位2个培养类型，硕士学位授权一级学科10个、硕士学位授权二级学科7个，涵盖了医、工、文、理、法、艺术学等六大学科门类,形成了培养类型较为齐全的研究生教育培养体系。2009年被批准为博士学位授予权立项建设单位。
　　学校现有共享院士5人，兼职博士生导师13名，硕士研究生导师522人，省级教学名师4人，省级优秀研究生导师10人，省属高校新世纪优秀人才6人；省优秀教学团队2个，省优秀研究生导师团队2个，黑龙江省高校科技创新团队2个。学校有国家级特色专业3个、省级重点学科7个、重点培育学科2个、省级精品课程15门、教育部工程研究中心1个，省级高校重点实验室3个，博士后科研工作站2个。目前，全校已有16个学院（部）拥有硕士点，在校各类研究生总数已达1397人，其中全日制在校研究生1292人，在职硕士研究生364人，留学研究生50人。
　　三十年来，我校始终把研究生培养质量作为生命线，不断深化研究生教育教学改革，把好招生、培养、管理和学位授予各个环节的质量关，研究生生源质量不断提高，研究生创新能力不断增强，研究生综合素质得到了全面提升。学校适应社会对高层次人才的需要，确立了多元、分类和创新的培养目标，重点加强了专业学位研究生的创新能力和实践能力的培养，重新构建了研究生课程体系，建设了3门省级研究生创新课程，形成了研究生课程准入、淘汰机制。每年投入专项经费用于研究生教改项目，实施研究生创新课程建设计划，设立了佳木斯大学研究生创新基金、研究生科研奖学金，加强研究生创新思维的训练和创新能力的培养。目前已与佳木斯煤矿机械有限公司等企业合作建设了省级研究生创新培养示范基地4个，获得省级研究生创新科研项目136项。
　　学校重视加强对导师队伍的管理，严格导师遴选、考核工作，形成了“按需设岗、能上能下”的导师动态管理机制，进一步提高了导师队伍的整体素质和指导水平。学校积极拓展研究生教育的对外交流与合作，其中1996年与日本高知大学建立校际友好关系以来，已选派了16批60余名在校优秀研究生赴日留学；学校还积极探索与国内高校、企事业单位联合培养研究生，先后与黑龙江省医院、大庆油田总医院等10余家单位签订了联合培养研究生协议；1990年以来，与北京科技大学、哈尔滨医科大学等国内高校开展科研合作和联合培养博士研究生，有效提升了我校研究生的培养能力和培养质量。
　　我校“十二五”期间，将继续以科学发展观为统领，积极发展研究生教育，以学科建设为龙头，以师资队伍建设为核心，以改革创新为动力，着力转变教育理念和人才培养模式，全面提高研究生教育质量和水平，坚定不移地推进高水平大学和重点学科建设，为早日成为博士学位授予权单位不懈努力。