东北林业大学于1954年始设林学和林工研究班，标志着研究生教育的开始。1955年设林业经济研究班。到1957年，共招收研究生80人。研究班均由原苏联专家讲课，培养两年制研究生。1958-1960年停止招生。1961年开始恢复招生，到1964年又招收研究生13人。1965-1977年又停止招生。1978年再次恢复招收研究生。1981年被国务院学位委员会批准为首批博士、硕士授予单位。2011年11月成立研究生院。
　　截止到2012年6月共培养毕业研究生10894人，其中：授予博士学位1259人，学术型硕士学位7159人，全日制专业学位83人，非全日制专业硕士学位2391人，外籍博士3人。学校现有在学研究生5833人，其中：博士生912人，学术型硕士研究生2641人，全日制专业学位研究生254人，非全日制专业学位研究生2026人。
　　学科分布覆盖农、理、工、经、管、文、法、医、艺9个门类，涉及34个一级学科。其中：拥有一级学科博士学位授权点8个，二级学科博士学位授权点43个；一级学科硕士学位授权点19个，二级学科硕士学位授权点135个（注：目前有35个博士学科点和90个硕士学科点招生）；拥有10个种类28个领域专业学位研究生培养资格。目前拥有博士生导师226人，其中兼职博导56人；硕士生导师653人。
　　拥有国家一级学科重点学科2个、国家二级学科重点学科2个，共涵盖12个二级学科；国家林业局重点学科6个；黑龙江省重点学科群1个，一级重点学科7个。全国百篇优秀博士学位论文奖获得者4人、提名奖获得者1人。
　　研究生院现设有8个科室，有管理人员17人，主要负责学位与研究生教育、“211工程”和学科建设的管理工作。
　　东北林业大学是中国学位与研究生教育学会农林学科工作委员会副主任委员单位，农林学科工作委员会学科建设组组长单位，东北地区农林院校研究生教育协作组组长单位，全国工程硕士专业学位林业工程领域组长单位，黑龙江省学位与研究生教育学会专业学位专业委员会挂靠单位。