南京师范大学的研究生教育起步于20世纪50年代，由著名苔藓专家陈邦杰教授招收了第1名研究生。“文化大革命”中，研究生教育中断了。1978年，我国实行改革开放政策后，立即恢复了研究生招生培养制度，我校也在当年就招收了研究生。1981年我国开始实施《中华人民共和国学位条例》，我校被国务院学位委员会批准为具有博士、硕士学位授予权的单位。1997年学校成立研究生处和党委研究生工作部，在2003年学校机构改革中，原研究生处（党委研究生工作部）被改建为研究生部（党委研究生工作委员会），主要承担和组织全校学位与研究生教育管理工作。1996年，南京师范大学进入国家“211工程”重点建设大学行列，南京师范大学的研究生教育进入了一个崭新的发展时期。截止到2006年6月，共授予博士学位624名，硕士学位 6719名。目前，共有在校研究生9215名，其中博士生632名。
　　20多年来，我校的学位与研究生教育事业得到了较快的发展，学科专业领域和研究方向得到不断拓宽，逐步形成了自己的特色。目前我校共有 7个博士学位授权一级学科，77 个博士学位授权专业，21 个硕士学位授权一级学科，161个硕士学位授权专业，拥有博士后流动站8个。在12个学科门类中，我校有4个门类布有一级学科博士学位授权点，有7个门类布有二级学科博士学位授权点，有8个门类布有一级学科硕士学位授权点， 11个门类布有二级学科硕士学位授权点。二级学科博士学位授权点覆盖的一级学科博士学位授权点数达到了16个，二级学科硕士学位授权点覆盖的一级学科硕士学位授权点数达到36个。从学院分布情况来看，全校21个学院中，有一级学科博士学位授权点的学院有6个，有二级学科博士学位授权点的学院共有13个，有一级学科硕士学位授权点的学院有14个，有二级学科硕士学位授权点的学院共有21个。研究生教育的层次、类型和培养方式也逐步向多样性发展：除了招收和培养全日制博、硕士研究生外，还开展了授予在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位工作和招收、培养教育硕士、法律硕士、高校教师硕士、艺术硕士等专业学位研究生，与澳大利亚麦考瑞大学合作培养“经济学”硕士研究生等。
　　根据学校“十一五”建设 “综合性有特色的教学研究型大学”的战略目标，研究生部在努力扩大研究生招生规模的同时，狠抓培养质量，取得了较好成效：到目前为止，共有两篇博士论文入选全国百篇优秀博士论文，一篇博士论文获全国百篇优秀博士论文提名，有17篇博士论文入选江苏省优秀博士论文，48篇硕士论文入选省优秀硕士论文，毕业研究生的就业率每年都保持98以上，许多毕业研究生已成长为高校、科研院所、党政机关、企业的教学、科研和管理骨干。