宁夏医科大学研究生教育始自1978年，是全国最早开始研究生教育的单位之一，当年开始招收研究生。1986年获得硕士学位授予权，是宁夏首批硕士学位授权单位。经过三十年的研究生教育，目前拥有1个一级学科（临床医学）、28个二级学科硕士学位授权点。研究生培养类型多样，能够招收和培养学历教育和学位教育研究生，2000年被国务院学位委员会批准为在职人员以同等学力授予硕士学位单位和全国第二批开展临床医学硕士专业学位教育试点工作单位。
　　一、研究生教育快速发展，招生规模大幅增加
　　近年来得到快速发展。招生人数从01年的37人增加至09年398人；在校研究生由01年的80人，增加至09年的900余人，在校生人数增加了11倍。2008年招收了10名推免生。截至目前，累计招收硕士研究生1400余人，已培养硕士研究生28届。以同等学力申请硕士学位的非全日制研究生教育累计招生563人，授予硕士学位93人。研究生毕业生就业率连续五年保持在100％，绝大多数成为宁夏、西北地区乃至全国各地的医学教育和医疗卫生事业的中坚骨干。
　　二、深化教育教学改革，努力提高培养质量
　　1．修订研究生培养方案。及时修订《科学学位研究生培养方案》和基础课程和专业课程的教学大纲，以保证课程教学的质量。
　　2．加强研究生课程建设，完善研究生课程体系。根据硕士生的培养目标及要求，采取“必修、选修、讲座”的方式，对课程进行不断调整和更新；在课程整合和新建中，课程内容体现了创新性、前沿性，克服了课堂授课内容老化的弊端，拓宽视野，培养创新精神。在课程整合中删去了部分陈旧、重叠的内容，为研究生的学习提供了更多的空间和时间。
　　3．2002年开始全面实行试行学分制。从2003年将临床专业学位研究生基础课程学习时间调整为一学期，使学生尽早接触临床工作，有利于提高研究生临床技能培养。学分制的实施增强了研究生学习的自主性，有利于进一步发掘其学习潜力和特长，发挥学习的主动性和创造性，增加科研和实践环节的培养，有助于提高培养质量，以适应目前国内研究生教育的发展趋势。
　　4．注重研究生创新能力的培养。通过组织开展培训、讲座等形式加强对研究生学习方法的引导,培养研究生查阅资料的技能、提高实验操作的技能，使他们能从包括网络在内的各种资源中获取各种有效的信息，能够从本课题出发,进行本研究领域、相关研究领域以及不同领域知识的获取与融合,提升研究生创造性思维能力。
　　三、健全质量保障措施，加强管理制度建设
　　1．加强导师遴选，壮大导师队伍。
　　学校制定了切实可行且具有较高要求的指导教师遴选办法，遴选标准对导师的学历层次、科研能力提出了明确要求，从而使具有高学历、高水平、高素质的教学、科研、医疗优秀中青年骨干及时补充到指导教师队伍中来，充实和壮大了研究生导师队伍和力量。1962年以后出生的新增硕士导师必须具有硕士以上学位。
　　2．加强导师培训，不断提高导师素质。
　　建立了行之有效的指导教师岗位和岗前培训制度，严把导师上岗关。对新上岗的导师举办导师培训班，邀请区内外知名研究生教育专家对导师进行培训。
　　3．规范研究生学位论文答辩，提高研究生学位论文质量。
　　坚持学位论文“双盲”评阅，每名研究生至少一篇论文送省外专家评审，此项工作的开展对学位论文的客观评价和提高论文质量起到了良好的效应。临床专业学位实行临床技能考核末位缓授学位制度，对临床专业学位研究生临床技能提高起到积极作用。2007年，研究生答辩要求答辩委员会中必须有省外博士授权单位的博士生导师参加。
　　4．建立并不断完善研究生教育的质量保证体系，聘请已退休的有丰富研究生培养经验的硕士生导师、专家、教授，成立研究生培养质量督导检查组，参与研究生培养和论文答辩的全过程，加强对研究生答辩工作的督促和检查。以提高研究生培养质量。
　　四、加强研究生党建工作，着力提高研究生综合素质
　　随着研究生招生规模的扩大，研究生管理工作的工作量日益增大。在加强研究生日常管理的同时，着重加强研究生的思想政治教育工作，通过各种形式激励研究生在思想上、学习上、工作上、生活上的积极进取，健康向上。研究生学院党总支先后组建党支部25个，是学校学生党支部建在班上最多的党总支，现有党支部16个，目前，研究生党员196名。近年来，研究生学院按照学校的统一要求，紧紧围绕学校党委中心工作和教育事业发展规划，开展各类教育教学和社会实践活动，逐步推进研究生教育事业的创新和发展。