中国科学院南海海洋研究所（南海海洋所）成立于1959年1月，是我国规模最大的综合性海洋研究机构之一。现有在职职工664人，其中正高级人员99人，研究生导师130人。拥有中国工程院院士1人，特聘研究员、万人计划、“千人计划”各1人，973计划和国家重大科学研究计划项目首席科学家4人，国家百千万人才工程4人，国家杰出青年基金获得者9人，青年“千人计划”3人、中青年科技创新领军人才5人。此外，还有中国科学院“百人计划”人才27人，广东省百名南粤杰出人才培养工程1人，基金委创新群体1个、中国科学院创新国际团队和科技创新“交叉与合作团队”各1个，中国科学院“现有关键技术人才”2人。拥有海洋科学一级博士后流动站和海洋科学一级博士学位授予点。
　　重点研究热带边缘海海洋水圈－地圈－生物圈圈层结构及其相互作用特征与演变规律，探讨其对资源形成和环境变化的控制和影响，发展具有南海特色的热带海洋资源与环境过程理论体系和应用技术。立足南海，跨越深蓝，围绕热带海洋环境与热带海洋资源，着力突破海洋气候环境与观测技术、边缘海地质演化与油气资源、海洋生态与生物资源领域的前沿科学问题和关键核心技术，不懈追求“更远、更深、更实、更强”，建成国际水平的热带海洋科学研究、人才培养、成果转移转化三高地，从而为发展我国海洋经济和维护海洋权益作出基础性、战略性和前瞻性贡献。 重点学科领域：热带海洋环境动力与生态过程、边缘海地质演化与油气资源、热带海洋生物资源可持续利用和海洋环境观测体系及其关键技术。
　　设有热带海洋环境国家重点实验室、中国科学院边缘海地质重点实验室（与广州地化所共建）、中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室、中国科学院海洋微生物研究中心、广东省海洋药物重点实验室、广东省应用海洋生物学重点实验室、海南省热带海洋生物技术重点实验室等；有4个研究室和1个海洋环境工程中心。拥有大亚湾海洋生物综合实验站（国家野外试验站和中国生态系统研究网络“CERN”站）、海南热带海洋生物实验站（国家野外试验站和中国生态系统研究网络“CERN”站）、湛江海洋经济动物实验站、汕头海洋植物实验站、西沙深海海洋环境观测研究站、南沙深海海洋环境观测研究站和中国-斯里兰卡联合科教中心；有“实验1”号、“实验2”号和“实验3”号三艘大型海洋科学考察船；还拥有仪器设备公共服务中心、海洋环境检测中心、南海海洋生物标本馆和海洋信息服务中心。
　　近50年来，南海海洋所共取得科研成果663项，获国家、中科院、部委和省市级成果奖236项；申请专利143项，获授权专利72项；近年来发表SCI论文541篇。典型代表性成果有“南沙群岛及其邻近海区资源环境和权益综合调查研究”和“热带海洋生物活性物质的利用技术”等。目前主持、承担973、863、国家基金项目等200余项。与40多个国家和地区建立了学术联系与合作，重点发展与欧、美、日、澳等海洋科学发达国家的合作与交流，同时加强与南海周边东盟国家的交流与合作。每年承担咨询或院地合作项目150余项。
　　南海海洋所是全国海洋科研机构首家获得ISO9002质量体系认证的科研单位，拥有国家“建设项目环境影响评价资格证书（甲级）”、“海域使用可行性论证资格证书（甲级）”、“海洋专项工程勘察甲级证书”、“计量认证资质证书”等。是中国海洋学会海洋物理分会、广东海洋湖沼学会、广东海洋学会等的依托单位。编辑出版《热带海洋学报》（核心期刊）。曾获广东省“文明单位”和广州市“文明单位”。