1938年，原中央研究院天文研究所从南京迁到云南省昆明市东郊凤凰山（现云南天文台台址）。抗战胜利后，中央研究院天文研究所迁回南京，在凤凰山留下一个工作站，该站隶属关系几经变更，1972年经国家计委批准，正式成立中国科学院云南天文台。2001年，经中央机构编制委员会批准，将北京天文台、云南天文台等单位，整合为国家天文台。云南天文台保留原级别，并具有法人资格。 截至2015年6月，云南天文台共有正式职工240人，其中科技人员为210多人。科技人员包括研究员和正高级工程师30多人、副研究员和高级工程师50多人。博士研究生60多人，硕士生60多人，在站博士后5人。 云南天文台是国家首批博士学位、硕士学位授予点，设博士后流动站。现设大样本恒星演化研究团组、恒星物理研究团组、高能天体物理研究团组、天体测量研究团组、双星与变星研究团组、系外行星研究团组、射电天文与VLBI研究团组、太阳爆发现象和CME研究团组、光纤阵列太阳光学望远镜研究团组、天文技术实验室、自适应光学在应用天文中的研究团组、选址组、自由探索组等，并设有抚仙湖太阳观测研究基地和丽江天文观测站（南方基地）两大天文观测研究基地。 云南天文台现有主要设备包括：上世纪80年代由德国引进的1米光学望远镜一台，1.2米国产地平式光学望远镜一台，2006年从英国引进的2.4米光学望远镜一台，用于承担探月工程地面数据接收任务的国产40米射电望远镜一台。2015年5月，抚仙湖太阳观测站新建的一米新真空太阳望远镜顺利通过成果鉴定。 近年，云南天文台科研成果获省部级及以上科技成果奖18项，其中国家自然科学奖二等奖1项、云南省特殊贡献奖（云南省最高科技奖励）1项、月球探测工程特殊贡献奖1项。2007年，黄润乾院士获《云南省科学技术奖突出贡献奖》（云南省最高科学奖励）。2014年2月，由中国科学院云南天文台韩占文、陈雪飞、孟祥存、王博等完成的成果“大样本恒星演化与特殊恒星的形成”荣获2013年国家自然科学二等奖。2007年至2014年，云南天文台在SCI刊物发表研究论文650余篇。 云南天文台与英国剑桥大学和牛津大学、美国国立天文台、德国马普学会、日本国立天文台、南京大学、北京师范大学等许多国内外著名天文研究机构，在天文学观测与研究、望远镜及其终端设备研制、天文新技术研究等方面，建立了广泛合作关系。长期以来，云南天文台获得了云南省各级政府与相关部门的大力支持。