浙江中医药大学是全国首批具有硕士学位授予权的高校之一。1978年开始招收攻读硕士学位研究生，1994年开始招收港澳台研究生，1998年取得博士学位授予权和开展同等学力申请硕士学位工作单位，2000年批准开展临床医学（中医、中西医结合）硕士专业学位工作，2003年获准设立中医学一级学科博士后科研流动站，同年被批准为高校教师在职申请硕士学位培养单位，2006年获推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生工作单位，2007年获批设立中药学一级学科博士后科研流动站，并取得推荐优秀本科毕业生免试攻读硕士学位研究生资格，2009年取得临床医学（中医学）一级学科博士专业学位授予权，并开展全国首届中医师承与专业学位衔接工作，2010年取得中药学一级学科专业学位授予权，2011年取得中医学一级学科博士授予权和临床医学、药学一级学科硕士授予权。2012年取得中西医结合一级学科博士后流动站。
　　目前学校拥有博士后科研流动站3个，博士点14个，硕士点46个，博士、硕士专业学位点4个。博士后科研流动站覆盖中医、中药、中西医结合3个一级学科；博士学位点覆盖中医、中药2个一级学科和中西医结合临床二级学科；硕士点覆盖中医、中药、中西医结合、临床医学、护理学、药学6个一级学科和生物化工二级学科，自主设置听力学、中医药卫生事业管理、中药市场营销和口腔修复重建医学目录外专业4个；专业学位点覆盖临床医学博、硕士和中药学、全科医学硕士4个一级学科，基本形成了以中医药为主体，多学科协调发展，学位类型齐全，培养层次完备的高层次人才培养格局，以及全日制与非全日制研究生教育互为补充、科学学位与专业学位并重发展的完整的学位与研究生教育体系。
　　学校现有博士生导师89人，硕士生导师542人，现有在校研究生共1586人，其中，博士生167人，硕士生1419人，另有在站博士后研究人员16人。已培养毕业研究生2130人，其中博士生224人，硕士生2450人，已培养出站博士后9人，授予同等学力硕士学位257人。
　　学校全面推行学位与研究生教育校、院二级管理体制，明晰学校及学院的管理职责，建立健全培养、学位管理与思想政治教育管理运行机制，学校负责对学位与研究生教育工作进行指导、检查与评估，学院主管落实与施行，学科参与把关，导师具体负责。并在各二级学院配备研究生教学秘书及思政教育辅导员，学院主动承担研究生培养、学位授予、毕业就业及思政工作的意识不断加强。近年来，学校推行临床学科学位点平行管理办法和组建学科专家评议组与专家库，实施校、院二级研究生经费改革方案，对学位点管理及培养质量保障机制进行创新改革，较好地明晰了学位与研究生教育的责权利，使学位与研究生教育管理工作更加规范、高效，服务更加到位，更好地保障研究生培养质量。
　　此外，在规范培养全日制科学学位、专业学位研究生的基础上，积极开展在职人员同等学力申请硕士学位培养工作，同时，作为国内首批开展高校教师在职攻读硕士学位和中医师承学位衔接工作的高校，认真开展高校教师攻读硕士与中医师承硕士的系列培养工作，不断为学校中医药高层次人才培养注入新的活力。